أثار الإعلان عن تشكيل اللجنة الاستشارية من قبل المجلس العسكري الحاكم في مصر، التي ستخوّل لها مهمة إبداء الرأي في القوانين والاتفاقيات الدولية ومناقشة مشروعي قانوني انتخاب رئيس الجمهورية والإجراءات الخاصة بتشكيل الجمعية التأسيسية لإعداد دستور جديد للبلاد، استياء التيار الإسلامي ما عدا حزب النور السلفي، ودفع بجماعة الإخوان إلى الانسحاب منها. اللجنة ضمت عددا من الشخصيات والقيادات المصرية كان من أبرزها مرشحي الرئاسة عمرو موسى والدكتور محمد سليم العوا ورجل الأعمال المصري ومؤسس حزب المصريين الأحرار نجيب ساويرس، وكذلك الدكتور عماد الدين عبد الغفور، رئيس حزب النور السلفي، إلا أن وجود هذه الشخصيات لم يخفف من غضب الإسلاميين لتأسيس هذه اللجنة التي اعتبروا أضرارها أكثر من منافعها. واتخذ الإخوان المسلمون قرارهم بسحب ممثليهم داخل اللجنة الاستشارية، وأكد حزب الحرية والعدالة، الذراع السياسي للإخوان، في بيان أمضاه أمين الحزب، سعد الكتاتني، أن اللجنة الاستشارية ''هيئة لمعاونة العسكري في إدارة الشأن العام، لكنهم تبينوا أن مهام الاستشارية ستكون أبعد من ذلك بكثير''. واعتبر الكتاتني أن ذلك ''انتقاص للمؤسسة التشريعية وتدخل في إعداد الجمعية التأسيسية للدستور، وهو السبب الأساسي في رفضهم المشاركة وسحب ممثليهم''. وأكد الدكتور عادل عفيفي، رئيس حزب الأصالة السلفي ''أن هذه اللجنة الاستشارية شبيهة بوثيقة السلمي والمبادئ الحاكمة والفوق دستورية''، مشيرا إلى أنها تعتبر سطوا على سلطة مجلس الشعب المنتخب. وقال عفيفي: ''ما لا أفهمه كيف تأتي سلطة فوق البرلمان، لها صلاحيات أكثر منه، ما يحدث ليس سوى فرض عضلات من المجلس العسكري ودوران لمربع واحد''. أما الدكتور عصام دربالة، رئيس مجلس شورى الجماعة الإسلامية، فأكد أن مبدأ وجود هيئة استشارية في حد ذاته أمر جيد، ''لكن لابد من انتظار الأعمال التي سوف تسند لهذا المجلس''، وأضاف دربالة أن المجلس الاستشاري أحيط قبل أن يبدأ بالعديد من الشكوك الكثيرة حوله، منها ''أن البعض يظن أن دوره محلل لكثير من القرارات التي يريدها المجلس الأعلى للقوات المسلحة في اتجاهات عديدة لم يكن يستطيع تمريرها من قبل''. من جهته شدد يسري الغرباوى، الخبير بمركز الأهرام للدراسات السياسية والإستراتيجية، أنه رغم أن تشكيل اللجنة الاستشارية يضم شخصيات لها ثقل ووزن، ولكن نسبة الشباب بها قليلة جدا، كما أن الأسماء التي جاءت لم تكن متوقعة، مضيفا أن وجود مرشحين للرئاسة في مثل هذه اللجنة يدل على عدم حياد المجلس العسكري، خاصة أنهم سيحصلون على تغطية إعلامية أكثر من غيرهم.
